病原体与抗原存在紧密的联系，但也有一定的区别。二者在概念、作用机制、种类等方面存在着不同。

1、概念：病原体是指可引起疾病的微生物和寄生虫的统称，微生物占绝大多数，包括细菌、真菌、病毒、衣原体等，寄生虫主要有原虫和蠕虫。抗原是指能被T、B淋巴细胞表面特异性抗原受体识别及结合，可以激活T、B细胞增殖、分化，产生特异性淋巴细胞或抗体，并与之结合，进而发挥适应性免疫应答的物质，具有免疫原性和免疫反应性；

2、作用机制：病原体侵入宿主机体后能否引起疾病，取决于病原体的致病能力与宿主的免疫功能。抗原进入机体的量、途径、次数、频率都可影响机体对抗原的免疫应答，适中的抗原剂量才可引起机体产生抗体，过低或过高的剂量会诱导免疫耐受；

3、种类：病原体一定为微生物或寄生虫。抗原不一定为生物，自然界所有的外源和内源物质都可为抗原，但机体免疫细胞通常识别的抗原为蛋白质。