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单细胞基础知识补充1-R数据格式(RData、RDA、RDS)
2023-07-21 04:30  浏览:1227  搜索引擎搜索“广企汇”
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写在前面: 开始做单细胞之前,报班或者看视频之后:好像也不是那么难,做的时候发现无数的坑。 因为没什么生信基础知识。 这些写教程的老六们,不会去写基础知识,导致感觉我学的单细胞测序和别人的不一样。 今天开个单细胞基础知识补充系,给生信初入门的小伙伴填个那些生信老六留下的坑。

rds是R语言中利用二进制保存的源文件,加载readr包以后,使用write_rds(x,file='x.rds')保存文件,read_rds('x.rds')读取文件,比csv的好处是加载rds文件时不需要花时间再进行列项匹配,速度更快。

读写RDS格式文件

# 1、导出RDS文件 saveRDS(iris,file="iris.RDS") # 2、读取RDS文件 #2.1 直接双击已有的RDS文件,用Rstudio打开即可,会自动出现这样的代码 iris <- readRDS("C:/Users/Administrator/Desktop/R/Rdata/iris.RDS") #2.2用readRDS函数:还是同理,若是工作路径下文件,则直接输入文件名;否则,得输入文件的绝对路径;再者可以使用file.choose()参数。 x<-readRDS("iris.RDS")

读写RData格式文件

RData格式文件类似于项目文件,上一次操作后,加载的包,保存的对象都还在,再次打开后可以接着进行编码。

# 1、导出RData文件 save(iris,iris3,file="iris.RData") # 2、读取RData文件 : 直接双击已有的RData文件,用Rstudio打开即可,会自动出现这样的代码 load("C:/Users/Administrator/Desktop/R/Rdata/iris.RData") # 3、导出RData文件保存当前工作空间中的所有对象:保存在默认工作路径,写一下文件名即可 save.image(file="allobject.RData")

参考链接:
R语言读写R格式文件2021.2.24
R数据格式:RData、RDA、RDS?
单细胞-傻瓜式Seurat的rds文件转Scanpy的h5ad文件

发布人:03c9****    IP:120.230.51.***     举报/删稿
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